慢性乙型肝炎是造成那么多人肝硬化、肝癌的罪魁祸首，其中80%的人是在未成年时期就感染了病毒。然而却一直没什么好的办法可以治疗乙型肝炎，很多慢性乙型肝炎患者，使用了多种药物治疗，但疗效均不明显，病情总发生反复。有效地治疗乙型肝炎已成为世界性的难题，乙型肝炎之所以难治，是因为乙型肝炎病毒常会嵌入肝细胞的DNA里面，结果是治疗后虽然找不到病毒，但还是可能会发病。

首先，乙型肝炎病毒有着坚硬的蛋白质外壳，可以起到保护病毒的作用，因此，治疗肝炎的药物很难直接对病毒产生作用，必须依赖人体自身的免疫功能。

其次，乙型肝炎病毒是在肝脏细胞内进行复制，而治疗药物必须是小分子物质才能进入肝细胞内，并发挥抵抗病毒的作用。乙型肝炎病毒除了存在于人体肝脏以外，在其他一些器官、组织中也可出现，如脾脏、肾、胰、骨髓、淋巴结、睾丸、卵巢及皮肤等，因此抗病毒药物要发挥作用，必须经过系统的、有足够疗程的治疗用药。

第三，病毒在某些药物作用下，会发生病毒基因变异，从而产生耐药性或免疫逃避。因而在选择治疗药物时应当慎重。

第四，病毒在进入肝细胞后，随着病程的延长，病毒的部分DNA可能与肝细胞的DNA发生整和，当肝脏细胞的DNA复制时，病毒的基因也会一同复制，一旦发生这种现象，治疗难度会明显加大。

第五，乙型肝炎病毒的复制方式与其他病毒不同，它会形成病毒复制的原始模板cccDNA，稳定贮存在肝细胞核内，而一般的抗病毒药对模板没有效果，因而患者在停药后往往发生病情反复。

此外，乙肝垂直传播容易形成免疫耐受。感染乙肝病毒的母亲通过胎盘感染胎儿，孩子出生后，由于免疫系统发育不完善，免疫功能不健全，不能有效地识别乙肝病毒，从而造成乙肝病毒感染。