随着近年来不断的新药推出上市，慢性乙肝的治疗疗效已经比原来大有改善，比如从2005年起相继上市的核苷类似物阿德福韦，恩替卡韦，以及今年刚上市的替比夫定，和最初的拉米夫定一起，构筑了核苷类似物治疗乙肝的强有力的弹药库。另外，除了核苷类似物以外，另一类慢性乙肝治疗的抗病毒药物干扰素也于近年推出了长效聚乙二醇化的剂型，比普通干扰素进一步提高了疗效。
现有的研究表明，当一种药物疗效不佳（如治疗到半年仍然不能有效地把乙肝病毒水平降到最低）时，转换到同类药物中抗病毒作用更强的另一种，即可更有效地抑制病毒，如把病毒水平抑制到检测不到的水平。现有的4种核苷类似物为解决慢性乙肝治疗的多种困境，如疗效不佳，转阴率偏低，耐药的出现，安全性的担忧等，提供了多种手段，医生可以根据病人的具体病情，采用个体化的治疗。如果病人基线乙肝病毒水平较高，即乙肝病毒在体内大量繁殖，可选择新的强效抗病毒的药物如替比夫定；如果病人是大三阳，由于升学就业等考虑，需要转阴到小三阳，可考虑转阴率较高的干扰素或替比夫定；如果长期抗病毒治疗的安全性是医生和病人主要担心的问题，可考虑选择使用时间较长、应用经验较多的拉米夫定或唯一一个获得美国FDA妊娠B级的核苷类似物替比夫定。
日前，在韩国济州岛举行的新兴市场慢性乙肝治疗策略的研讨会上，著名的国际肝病专家，来自新西兰奥克兰的Edward Gane教授提出了优化慢性乙肝的个体化治疗的新策略，即结合慢性乙肝治疗线路图，定期进行疗效的评估以调整药物治疗方案，从而优化慢性乙肝的治疗，减少甚至阻止病人病情进展到肝硬化、肝癌等远期并发症。谈及干扰素治疗时，Gane教授指出，病人治疗基线的各种状况，如年龄，性别，转氨酶的高低，乙肝病毒水平的高低等，对干扰素的疗效具有显著影响，这一观点已经被学术界广泛认可。就核苷类似物治疗慢性乙肝是否存在同样规律的问题，Gane教授解释道，全新核苷类似物替比夫定的临床研究结果表明，替比夫定治疗大三阳的病人，在治疗基线转氨酶水平大于2倍正常值的病人中，疗效更佳，用药半年能使49%的病人达到乙肝病毒水平检测不到，而治疗2年时，86%的病人乙肝病毒水平继续保持阴性，49%的病人实现了大三阳转阴到小三阳，85%的病人转氨酶恢复正常。
Gane教授进一步强调，要根据病人治疗基线水平，如病毒水平的高低，转氨酶的高低，肝脏代偿还是失代偿，性别，年龄，大三阳还是小三阳，以及患者的基因型等多种因素，综合考虑确定或调整治疗方案，以达到最优化的个体化治疗。例如，对于乙肝病毒基因型为A型和D型的患者，干扰素的疗效就优于B型和C型的患者。现有资料显示，患者的基因型对核苷类似物的疗效基本没有影响。另外，虽然慢性乙肝都需要长期的抗病毒治疗，但是大三阳患者的治疗疗程和小三阳患者又有所不同，所以如果需要长期治疗，药物长期应用的安全性也必须作为重要的考虑因素之一。治疗过程中最重要的评价指标是所选药物的疗效，能否强效、快速抑制病毒到检测不到，以及是否具有高的e抗原转阴率/转换率。
